慢性粒细胞白血病在临床上根据疾病的发展过程可分为慢性期、加速期与急变期，这对临床治疗与预后有密切关系。
慢性粒细胞白血病慢性期可无症状或有低热、乏力、多汗、体重减轻等症状，外周血白细胞计数增高，主要为中性中幼粒、晚幼粒和杆状核粒细胞，嗜酸及嗜碱粒细胞增多，可有少量有核红细胞，骨髓象增生明显活跃至极度活跃，以粒细胞系统增生为主，中性中幼粒、晚幼粒及杆状核粒细胞增多，原始细胞比例≤10％。细胞遗传学检查发现有异常的Ph染色体。
约70％的病人于慢性粒细胞白血病诊断成立之后1～4年间，平均40个月时，可有倦怠、乏力、盗汗、体重减轻，可出现不明原因的发热、贫血、出血、骨骼疼痛及脾脏进行性肿大，外周血血红蛋白进行性下降，血小板计数进行性降低或增高，嗜碱性粒细胞增多，外周血及骨髓中的原始细胞比例较慢性期有所增加，细胞遗传学方面的检查发现有Ph染色体以外的其他异常染色体出现，病人对以往用过的药物治疗无效。这一阶段称为加速期，可以持续数月，甚至1～2年。
经过加速期后病人就转入急变期，有少数病人在诊断后数月即发生急变，也偶有的病人在十余年后才转变至加速期。慢性粒细胞白血病慢性期时可经药物治疗达到缓解而无症状，而急变后，原有的一些治疗方法不再有效，各种症状如发热、贫血、出血等不易控制，血象和骨髓象变化逐渐接近急性白血病的表现。