1.首先，基于细胞减少的水平，采取相应的三种治疗方案。
中等细胞减少的患者，不需要输血，也就是再生不良性贫血，可以采用支持疗法或门诊治疗（用促同化激素类和/或低剂量的类固醇或CsA）。雄激素对部分AA患者的作用是显著的。
需要输血的患者，应住院治疗，用免疫抑制疗法(IST)或骨髓移植（BMT），并且开始治疗的决定不能拖延，否则会明显的减少成功的机会。
极重型再障的年轻患者(<20岁)首选移植，老年患者伴有较高的PMN，一般以IST作为起始治疗。
2.免疫抑制疗法
抗胸腺蛋白(ATG)疗法优于支持疗法的存活率。ATG联合雄激素或CsA治疗能改善整体应答率，但对存活率无影响。将ATG+CsA与单独ATG对比研究，显示存在无事件生存率差异，只接受ATG治疗的患者需要额外的IST疗程；二者15年生存率是可比较的。免疫抑制疗法得到应答的中位时间是120天，因此，第二次治疗不能早于初始ATG治疗后的四个月。不依赖输血的可能性可以在40%-80%之间。
马和兔的ATG都已经成功的应用于获得性AA患者。但目前一线IST标准一般为马ATG和CsA，二线治疗是兔ATG和CsA。ATG的输注可以导致过敏反应，但是提前给予适当的类固醇/抗组胺类药物，并且适当的减慢输注速度（每次剂量24小时），几乎所有患者都能完成ATG治疗的整个过程，大约持续5天。感染、出血、发热不是ATG治疗的绝对禁忌症，尽管在第一个周一些抗体可能加重细胞减少。
环孢菌素依赖与复发  目前包含CsA的IST疗法要求CsA全剂量（5 mg/kg，口服，每天）应用六个月；但CsA的减量不确切知道什么时候、以怎样的速度减。但有研究表明治疗12个月（与6个月相比）后开始减量CsA是安全的，且减量过程应该很慢（每月减量小于百分之十）至少一年，将复发的危险减到最小。复发的危险约为30%，且不易被预测；单独联用ATG和 CsA 与ATG、CsA、G-CSF联用的患者相比，复发的危险性要高。复发可以通过给予额外的ATG疗程成功地解救。
生长因子  G-CSF的应用已经同ATG、 CsA联合作为一线治疗。G-CSF应用的潜在优点是加快中性粒细胞的恢复，并且测试WBC增长的机会，从而预测失败。G-CSF的应用给了无应答者一个早期的识别，并给早期BMT的提示。但其应用是否会增加克隆性紊乱增长危险尚无定论。
克隆演变和二次肿瘤  这种疾病有多种可能演变，可能与或不与它的病因学、发病机理及治疗有关。获得性再障有向PNH、MDS及AL转化的可能。且对免疫抑制剂无应答的患者向克隆性疾病转化的风险更大。二次肿瘤的常见于移植前接受放射的患者，而放射疗法是目前HLA同胞移植不被推荐的。
IST治疗预测生存率的因素  目前，生存率可以通过年龄预测：对小于20岁的患者来说，十年的精确存活率为73%，21-30岁是75%，31-40岁是66%，大于40岁为47%。
老年病人的IST  年龄大于70岁的AA患者也能用ATG和CsA治疗，尽管应答率（缓解率）和生存率低于年轻患者。再障年轻患者死亡危险度是最高的，随着年龄的增大，危险度逐渐降低。
IST后妊娠  成功的妊娠是可能的，但是有复发的危险。PR患者比CR患者更容易复发。如果一个年轻的妇女CR，停止治疗，知道这种疾病复发的危险性，妊娠是可能的。
3.骨髓移植
对生存率有用的预测是：（1）1997年以后的移植；(2)配对的同胞供者(MSD)；(3)年龄小于16岁；(4)诊断和移植的时间间隔小于83天；（5）不经过放射治疗。
HLA相同同胞目前，年龄小于16岁的AA患者经200 mg/kg CY治疗并已接受HLA相同同胞BMT，他们的生存率为91%：且这一方案不会导致不育或第二肿瘤。同骨髓移植相比较，外周血移植实际上会减少生存率。外周血过高死亡率的主要原因是慢性移植物抗宿主病(GVHD)。CsA和MTX的联合应用可预防GVHD，这一方案已被证明优于单用CsA。
30岁以上患者HLA相同的BMT  HLA相同同胞移植的十年总体生存率在各年龄段患者逐渐降低。有研究表明氟达拉宾（FLU）、CY和 ATG联合应用比单用CY能减少移植相关毒性。
无关供者移植  预处理放射线的剂量应减低。缺乏同胞供者的儿童，在确诊时就应该开始寻找无关供者，当合适的供者出现并经IST治疗一疗程后就应该认真的考虑移植。在20-30岁年轻的成年人，也应该这样做。
结论
获得性SAA采用 IST 或 BMT都能成功治疗：IST能很容易的给所有的患者用药，但是不能治愈。IST、BMT可以产生快速的和长效的血液学恢复，而不会有MDS的长期风险，但是需要有合适的配型和资金来源，而且可能导致长效的慢性GVHD。
BMT已经有了重要的改善，尤其是对具有供选择的供者的患者和年轻患者来说。而IST几乎没有改进，除了vSAA的儿童患者。中性粒细胞计数似乎已经失去了预测价值在组合的IST治疗中。年龄仍是主要的预测因素，在决定用何种治疗方案时要谨慎考虑。