MDS可是原发的，即原因不明。或曾有化学致癌物质、烷化剂治疗或放射线接触史，即继发性。在全部急性白血病病例中，仅少数患者临床能观察到明确的MDS过程。约50％MDS患者可见到特殊的染色体异常。MDS患者的进展方式及其是否向急性白血病转化，很大程度上取决于细胞内被激活的癌基因类型和数量。目前认为本病是发生在较早期造血干细胞，受到损害后出现克隆性变异的结果。对骨髓细胞进行染色体显带分析和G6PD同功酶研究，提示MDS系由一个干细胞演变而来，故为克隆性疾病。
骨髓增生异常综合征病因（中医）MDS属中医“虚劳”、“血证”、“内伤发热”、“瘀证”及“症积”范畴。本病以肝郁、脾虚、肾亏为本，气血阴阳亏虚为先，肝郁气滞，继则邪毒内壅，气血滞行，终致虚实夹杂。与遗传、体质、环境、外感、饮食劳倦、情绪等因素有关。 
　　MDS病因有内因、外因、不内外因。内因多由先天禀赋不足，后天失养，或劳倦内伤，正气亏虚，肝气郁结；外因为六淫之邪；不内外因为接触异常射线和药物，化学毒素。外因、不内外因通过内因起作用。正气虚弱，气血不足致外邪侵袭有可乘之机。病初浅者为“气血两虚”，病情进一步发展可出现“气阴两虚”或“阴阳两虚”。 
　　临床上气血两虚者可见面色苍白，唇甲色淡，头晕目眩，神疲乏力，心悸气短，舌淡苔白，脉虚大无力。肾虚则见头晕乏力，面色少华，腰酸腿软，耳鸣健忘，尿清长，脉细弱或迟脉虚大。偏肾阴虚则见五心烦热，低热盗汗，口干便结，舌淡红少苔，脉细数无力。偏肾阳虚者形寒肢冷，面浮肢终，夜尿频繁，纳呆腹胀，大便溏软，舌淡胖，苔薄白，脉沉。气虚不能行血，血虚脉道不充，血流不畅为瘀，阴虚火旺，热伤血络迫血妄行，溢出脉外，留体为瘀，或阳虚内寒，血凝不行致“血瘀”形成。症见面色晦暗，口唇色暗，粘膜瘀斑，腹部包块，或痰核瘰疬，舌质淡暗、瘀斑，苔白腻，脉沉涩。气阴两虚，虚热内生可致“发热”症状，风热毒邪乘虚而入又可形成热毒炽盛或邪毒内攻的高热症状。气虚无力统血，阳虚无力固摄或阴虚火旺，热迫血妄行均可导致“出血”症状。MDS的发病过程是由虚到实夹杂，实又加重虚损的动态病理变化过程。